KHOA - VIỆN

1. Khoa Công nghệ
2. Khoa Công nghệ Thông tin & Truyền thông
3. Khoa Dự bị Dân tộc
4. Khoa Khoa học Chính trị
5. Khoa Khoa học Tự nhiên
6. Khoa Khoa học Xã hội & Nhân văn
7. Khoa Kinh tế
8. Khoa Luật
9. Khoa Môi trường & Tài nguyên Thiên nhiên
10. Khoa Ngoại ngữ
11. Khoa Nông nghiệp
12. Khoa Phát triển Nông thôn
13. Khoa Sau đại học
14. Khoa Sư phạm
15. Khoa Thủy sản
16. Bộ môn Giáo dục Thể chất
17. Viện Nghiên cứu Biến đổi Khí Hậu
18. Viện Nghiên cứu Phát triển ĐBSCL
19. Viện NC & Phát triển Công nghệ Sinh học
20. Trường THPT Thực hành Sư phạm

TRUNG TÂM - TRUNG TÂM ĐÀO TẠO

1. Trung tâm Bồi dưỡng chuyên môn Sau ĐH
2. Trung tâm Bồi dưỡng Nghiệp vụ Sư phạm
3. Trung tâm Chuyển giao Công nghệ và Dịch vụ
4. Trung tâm Công nghệ Phần mềm
5. Trung tâm Dịch vụ Khoa học Nông nghiệp
6. Trung tâm Đảm bảo Chất lượng & Khảo thí
7. Trung tâm Đánh giá năng lực Ngoại ngữ
8. Trung tâm Đào tạo, NC và Tư vấn kinh tế
9. Trung tâm Điện - Điện tử
10. Trung tâm Giáo dục Quốc phòng & An ninh
11. Trung tâm Hàn ngữ
12. Trung tâm Học liệu
13. Trung tâm Kiểm định và Tư vấn Xây dựng
14. Trung tâm Liên kết Đào tạo
15. Trung tâm NC và Ứng dụng công nghệ
16. Trung tâm Ngoại ngữ
17. Trung tâm Thông tin và Quản trị mạng
18. Trung tâm Ứng dụng CNSH Da thẩm mỹ
19. Trung tâm Ươm tạo doanh nghiệp công nghệ
20. Công ty TNHH một thành viên KHCN

PHÒNG BAN CHỨC NĂNG

1. Phòng Công tác Chính trị
2. Phòng Công tác Sinh viên
3. Phòng Đào tạo
4. Phòng Hợp tác Quốc tế
5. Phòng Kế hoạch Tổng hợp
6. Phòng Quản lý Khoa học
7. Phòng Quản trị-Thiết bị
8. Phòng Tài vụ
9. Phòng Thanh tra - Pháp chế
10. Phòng Tổ chức-Cán bộ
11. Ban Quản lý Công trình
12. Ban Quản lý dự án ODA
13. Nhà Xuất Bản Đại học Cần Thơ
14. Tạp chí Khoa học Trường ĐHCT
15. VPHĐ chức danh GS cơ sở & thi đua KT

ĐOÀN THỂ - HỘI

1. Công Ðoàn Trường
2. Ðoàn Thanh niên CSHCM & Hội Sinh viên
3. Hội Cựu Chiến binh
4. Văn phòng Ðảng ủy