Ngoài sự hợp tác làm việc với các cơ quan, địa phương trong nước, Trung Tâm đã và đang cùng với các tổ chức ngoài nước nghiên cứu và thực hiện một số dự án như:

• Hợp tác với Đức trong dự án Sansed.

• Hợp tác với Bỉ (VLIR A2-1) trong lĩnh vực "Nâng cao chất lượng đào tạo ngành Kỹ Thuật Môi Trường".

• Hợp tác với OXFARM America về quy hoạch và phát triển nông thôn.

• Trung tâm tham gia chương trình MHO (Hà Lan) cùng với bộ môn Kỹ Thuật Cơ Khí và Kỹ Thuật Xây Dựng.

• Hợp tác với Tổ chức Bánh Mì cho thế giới ̣(BfdW) trong lĩnh vực nghiên cứu, triển khai hầm ủ Biogas.

• Hợp tác với tổ chức Đất Lành (tere des hommes) trong lĩnh vực triển khai hầm ủ Biogas vào mô hình thâm canh hợp sinh thái VACB.

• Hợp tác với Đại Học Chiang Mai (Thái Lan) trong việc chuyển giao công nghệ xây dựng hầm ủ Biogas loại TG-BP.

• Hợp tác với GATE (Đức) trong lĩnh vực "Ứng dụng công nghệ lên men kỵ khí để xử lý nước và chất thải của lò giết mổ gia súc.