Khoa Thủy sản đang là một trong vài Khoa của Trường Đại học Cần Thơ có cơ cấu đào tạo đầy đủ từ bậc đại học, cao học đến nghiên cứu sinh. Khoa đang đào tạo 8 ngành và chuyên ngành bậc đại học, 1 ngành cao học và 2 chuyên ngành nghiên cứu sinh. Đặc biệt, Khoa được Bộ Giáo dục và Đào tạo cho phép đào tạo ngành Nuôi trồng Thủy sản Tiên tiến bậc đại học dạy bằng tiếng Anh theo chương trình của Đại học Auburn của Mỹ từ năm 2008.