Khoa Thủy sản, Trường Đại học Cần Thơ được thành lập năm 1979 trên cơ sở Bộ môn Thủy sản. Trong qua trình phát triển của nhà Trường cơ cấu tổ chức có sự thay đổi đề phù hợp chức năng nhiệm vụ cũng như định hướng phát triển, vì thế Khoa Thủy sản cũng có những thay đổi theo. Năm 1996 thì Khoa Thuỷ sản cùng với các Khoa Trồng trọt, Khoa Chăn nuôi và Thú Y và Khoa Chế biến được hợp nhất thành Khoa Nông nghiệp. Lúc này Khoa Thủy sản trở thành các Bộ môn của Khoa Nông nghiệp. Đầu năm 2001, Viện Khoa học Thuỷ sản trực thuộc Khoa Nông nghiệp được thành lập trên cơ sở hợp nhất các Bộ môn Thủy sản và Viện Nghiên cứu Tôm và Artemia của Trường nhằm qui động tối đa nguồn lực con người và phương tiện giảng dạy và nghiên cứu. Tháng 4/2002, Khoa Thuỷ sản trường Đại học Cần Thơ được tái lập theo Quyết định của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo trên cơ sở Viện Khoa học Thủy sản. Sự tái lập Khoa Thủy sản ghi nhận sự phát triển mạnh của ngành Thuỷ sản Trường Đại học Cần Thơ đồng thời cũng nhằm đáp ứng yêu cầu về phát triển qui mô đào tạo, phát triển nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ theo nhu cầu phát triển của ngành thủy sản Việt Nam, đặc biệt là của Đồng Bằng Sông Cửu Long. Hiện tại, Khoa Thuỷ sản được xem là một Khoa lớn của Trường Đại học Cần Thơ với lực lượng cán bộ giảng dạy được đào tạo chính qui, đa ngành nghề,… đáp ứng cho nhu cầu mở rộng ngành nghề và bậc đào tạo.
Số lượng cán bộ hiện tại của Khoa là 116 người, trong đó có 41 cán bộ giảng dạy (gồm 3 Phó Giáo sư, 15 tiến sĩ và 21 thạc sĩ). Hiện tại, tỉ lệ cán bộ giảng dạy có trình độ sau đại học là 95% (44% tiến sĩ và 51% thạc sĩ). Lực lượng cán bộ sẽ được tăng cường trong các năm tiếp theo nhưng sẽ đảm bảo tỉ lệ thấp nhất là 60% tiến sĩ vào năm 2010 và 65% tiến sĩ năm 2015. Ngoài ra, Khoa còn có 44 cán bộ làm công tác nghiên cứu khoa học theo các đề tài và dự án, trong số này có 30% có trình độ sau đại học.
Số lượng sinh viên của Khoa hiện nay là 1.650, trong đó có 1,000 sinh viên đại học hệ chính qui, 500 sinh viên hệ vừa học vừa làm, 87 học viên cao học và 11 nghiên cứu sinh. Trong thời gian tới Khoa sẽ tăng số lượng đào tạo lên mức 2.000 sinh viên trong đó có khoảng 200 sinh viên cao học và 20-30 nghiên cứu sinh.
