KHOA-BỘ MÔN-TRUNG TÂM ĐÀO TẠO

1. Khoa Sư phạm  
2. Khoa Nông nghiệp và Sinh học ứng dụng
3. Khoa Khoa học Tự nhiên
4. Khoa Công nghệ
5. Khoa CNTT & Truyền thông
6. Khoa Kinh tế & QTKD
7. Khoa Luật  
8. Khoa Thủy sản
9. Khoa Khoa học Chính trị
10. Khoa Dự bị Dân tộc
11. Khoa Môi trường & Tài nguyên Thiên nhiên
12. Khoa Khoa học Xã Hội và Nhân văn
13. Bộ môn Giáo dục Thể chất
14. Trung tâm Giáo dục Quốc phòng

VIỆN NGHIÊN CỨU & TRUNG TÂM

1. Viện NC phát triển Đồng bằng Sông Cửu long
2. Viện NC & PT Công nghệ Sinh học
3. Viện Nghiên Cứu Biến Đổi Khí Hậu
4. Trung tâm Ngoại ngữ
5. Trung tâm Dịch vụ Tổng hợp   
6. Trung tâm học liệu  
7. Trung tâm nghiên cứu - Thực nghiệm - Đa dạng sinh học Hòa An
8. Trung tâm đảm bảo chất lượng
9. Trung tâm Thông tin và Quản trị mạng
10. Trung tâm Đào tạo Từ xa

PHÒNG BAN CHỨC NĂNG

1. Phòng Kế hoạch Tổng hợp
2. Phòng Quản lý Khoa học
3. Phòng Hợp tác Quốc tế
4. Phòng Đào tạo
5. Phòng Tổ chức-Cán bộ
6. Phòng Tài vụ
7. Phòng Công tác Chính trị
8. Phòng Quản trị-Thiết bị  
9. Phòng Công tác Sinh viên
10. Phòng Thanh tra - Pháp chế
11. Ban Quản lý Công trình

ĐOÀN THỂ & HỘI

1. Ðoàn Thanh niên Cộng sản HCM & Hội Sinh viên
2. Hội Cựu chiến binh
3. Hội Cựu Sinh viên 
4. Công Ðoàn Trường
5. Văn phòng Ðảng ủy