Trường Đại học Cần Thơ có trên 26000 sinh viên chính quy đang học tại các khoa, viện, bộ môn và hàng chục nghìn sinh viên đang học các hệ đào tạo khác của trường. Cùng với sự phát triển của nhà trường, tổ chức Đoàn - Hội cũng đạt được những bước về quy mô và chất lượng hoạt động.

Đoàn trường Đại học Cần Thơ là đơn vị Đoàn cấp huyện trực thuộc Thành Đoàn Cần Thơ, hiện có trên 24 nghìn Đoàn viên sinh hoạt theo chi đoàn lớp hoặc chi đoàn cán bộ của các Khoa, Viện, Bộ môn và Khối phòng ban, trung tâm trực thuộc trường. Hiện Đoàn trường có 19 đơn vị trực thuộc:
1. Đoàn khoa Công nghệ
2. Đoàn khoa Nông nghiệp và Sinh học ứng dụng
3. Đoàn khoa Kinh tế - quản trị kinh doanh
4. Đoàn khoa Sư phạm
5. Đoàn khoa Khoa học xã hội và Nhân văn
6. Đoàn khoa Công nghệ thông tin và Truyền thông
7. Đoàn khoa Luật
8. Đoàn khoa Thủy sản
9. Đoàn khoa Môi trường và Tài nguyên thiên nhiên
10. Đoàn khoa Khoa học tự nhiên
11. Đoàn khoa Khoa học chính trị
12. Đoàn khoa Dự bị - dân tộc
13. Đoàn viện Nghiên cứu và phát triển công nghệ sinh học
14. Đoàn viện Nghiên cứu phát triển Đồng bằng sông Cửu Long
15. Đoàn bộ môn Giáo dục thể chất
16. Đoàn khối Phòng ban
17. Đoàn trung tâm Công nghệ phần mềm
18. Đoàn khoa Phát triển nông thôn 
19. Đoàn trường THPT Thực hành Sư phạm

Hội sinh viên trường là đơn vị trực thuộc Hội sinh viên Thành phố Cần Thơ, hiện có hơn 18 nghìn Hội viên (năm 2012) sinh hoạt tại các Liên chi hội sinh viên, Câu lạc bộ, Đội nhóm trực thuộc. Có một điểm đặc biệt trong cơ cấu tổ chức Hội sinh viên tại Đại học Cần Thơ là mô hình các Liên chi hội sinh viên theo 13 tỉnh thành khu vực Đồng bằng sông Cửu Long, gồm có:
1. Liên chi hội sinh viên Long An
2. Liên chi hội sinh viên Tiền Giang
3. Liên chi hội sinh viên Đồng Tháp
4. Liên chi hội sinh viên Bến Tre
5. Liên chi hội sinh viên Vĩnh Long
6. Liên chi hội sinh viên Trà Vinh
7. Liên chi hội sinh viên An Giang
8. Liên chi hội sinh viên Cần Thơ
9. Liên chi hội sinh viên Hậu Giang
10. Liên chi hội sinh viên Sóc Trăng
11. Liên chi hội sinh viên Bạc Liêu
12. Liên chi hội sinh viên Cà Mau
13. Liên chi hội sinh viên Kiên Giang
Các Câu lạc bộ, đội nhóm trực thuộc:
1. Đội Công tác xã hội
2. Câu lạc bộ Bốn phương
3. Câu lạc bộ Hiến máu tình nguyện
4. Câu lạc bộ Môi trường
5. Câu lạc bộ Văn hóa nghệ thuật
6. Câu lạc bộ Guitar
7. Câu lạc bộ Sinh viên khuyết tật